市建局收購重建的私人物業樓宇單位，均按參考同區「七年樓齡」的呎價，擬訂「自置居所津貼」，再加上物業本身的市值，向業主提出收購，故此涉及龐大的收購補償開支。這與提供公共房屋的房屋署，及資助出售房屋的香港房屋協會的營運模式，非常不同。

自2001年市建局成立至2017年3月底，政府共豁免36幅批地補地價。在這36幅免補地價的重建地盤中，有兩成多因為有足夠的地積比增長，又或因為原地盤範圍有不屬於商／住的用地，不涉及收購開支，以致獲豁免的地價比起市建局額外要支付的「自置居所津貼」開支為高；可是，其餘超過70%的重建地盤，市建局需要向業主支付的「自置居所津貼」總額，均超出獲豁免的地價，當中尤其以位於九龍城、深水埗及大角咀等涉及業權數目較多的項目為甚。由此可見，被坊間視為「優勢」的豁免補地價，實際上，郤被「自置居所津貼」在某程度上抵銷了。